Là một trò chơi hành động góc nhìn thứ nhất, Far Cry 3 còn có những đặc điểm của thể loại trò chơi nhập vai, với hệ thống điểm kinh nghiệm, các kĩ năng và khả năng tự tạo vật phẩm trang bị. Người chơi có thể tận dụng môi trường tự nhiên để lẩn trốn kẻ địch. Jason cũng có khả năng tung ra những đòn cận chiến hạ gục đối phương một cách âm thầm từ phía trên, dưới hoặc phía sau. Không gian trong trò chơi rất rộng lớn, người chơi có thể khảo sát rồi đưa ra những phương án chiến đấu đa dạng, bao gồm đánh dấu kẻ địch qua máy ảnh, kết hợp những đòn đánh âm thầm với nhiều loại vũ khí đa dạng[7].

Một điểm thú vị của Far Cry 3 là Jason có thể săn bắn nhiều loại thú rừng, lột da chúng để tự tạo những trang thiết bị tăng cường khả năng chiến đấu. Anh còn hái được nhiều loại thực vật để bào chế thành các loại thuốc đem lại những khả năng đặc biệt khác[8].

Các kĩ năng được mở sau mỗi nhiệm vụ chính hoặc phụ hoàn thành. Chúng được chia thành ba nhánh, mang tên Cá mập, Diệc và Nhện. Mỗi nhánh kĩ năng có một đặc điểm riêng để người chơi tùy chọn cách chơi ưa thích của mình.